Принципиального отличия нет и еще долгое время не будет. Thirty Bees - это PrestaShop 1.6 с улучшениями в коде. Одноименная компания зарегистрирована в США. Много от CMS Thirty Bees ожидать не стоит. Она займет свою нишу, а как развиваться будет — компания пока не сообщает. Ниша Thirty Bees — поддержка существующих интернет-магазинов, сделанных на PrestaShop 1.6. Дело в том, что официальная поддержка PrestaShop 1.6 закончится 30 июня 2019 года, то есть вот-вот. А так как интернет-магазинов PrestaShop на версии 1.6 (по некоторым данным) сейчас большинство, то их как-то нужно поддерживать. Для этой цели был сделан форк - Thirty Bees. То есть, если хочешь получать обновления, придется сделать апгрейд до Thirty Bees.
Я с 2018 года наблюдаю за Thirty Bees и скажу так: развивается очень медленно; есть собственный форум и на нем нет русскоязычной ветки; маркетплейс в зачаточном состоянии, на котором почти нет продаж; нет той инфраструктуры разработки и локализации, что есть у PrestaShop; радуют новые программистские решения, например, система обновления через GitHub; не радует, что делают новые грубые ошибки, пока занимаются форматированием и легким рефакторингом кода.
Для тех, кто интересуется вопросом, что лучше, делать новый интернет-магазин на Thirty Bees или на PrestaShop 1.7, я скажу, что намного лучше на PrestaShop 1.7.
Если у вас PrestaShop 1.6 и вы активно занимаетесь своим интернет-магазином (есть сложная специальная доработка, собственные модули и вообще постоянно работаете над улучшениями), то в перспективе, вам нужно оценить возможность перехода на PrestaShop 1.7 и, в том случае, если этот переход будет очень трудоемок, то вероятнее всего вам стоит сделать апгрейд до Thirty Bees, который не займет очень много усилий для профессионального разработчика.
Также, я не вижу смысла делать новые интернет-магазины ни на Thirty Bees (по крайней мере, сейчас) ни, тем более, на PrestaShop 1.6!
Обновлю свой ответ в июле 2019, когда будет официально прекращена поддержка PrestaShop 1.6. Посмотрим, как пойдут дела у Thirty Bees ;)
Кстати, пройдите опрос: Нужна ли нам поддержка PrestaShop 1.6 сообществом в виду официального прекращения поддержки компанией PrestaShop?
По части обновления с устаревших версий PrestaShop - оказываю профессиональную услугу.